A los quince años de vida de la Universidad Autónoma del Sudeste, se funda en 1980 la "Escuela Superior de Ciencias Químico Biológicas" bajo el rectorado del Ing. Humberto Lanz Cárdenas, posteriormente en 1990 se eleva a categoría de Facultad por la apertura de la especialidad en Administración de la Calidad en la Industria Alimentaria. La actual "Facultad de Ciencias Químico Biológicas" de la Universidad Autónoma de Campeche inicia labores el 4 de Octubre de 1980 bajo la dirección del IBQ. Carlos Ortega Cárdenas, con la carrera de IngenieroBioquímico con Especialidad en Alimentos; en septiembre de 1981, dada la demanda de profesionistas en los hospitales y laboratorios privados, se creó la carrera de Químico Farmacéutico Biólogo. Posteriormente, tomando en cuenta la tendencia del Estado hacia la preservación y aprovechamiento de sus recursos naturales, se crea la carrera de Biología Marina en el año de 1989, la cual continúa como Biología a partir del año de 1995.

La licenciatura de Ingeniero Bioquímico Ambiental se crea en 1996 para contribuir a la solución de la problemática que representa el deterioro ambiental derivado de las actividades antropogénicas. Finalmente, con el objetivo de fomentar el aprovechamiento de los recursos agropecuarios de la región con la creación de empresas del ramo alimentario, a partir del ciclo escolar 2010-2011 se oferta la Licenciatura en Ciencia y Tecnología de Alimentos y entra en proceso de liquidación la carrera de Ingeniero Bioquímico en  Alimentos.